研究室最適化
初めに Surface Goを買ってから早2年が経ちました。 元々、学会に持って行く用に買ったのですが、今では ゼミや講義などでのメモ用 帰省や旅行先での作業用 研究室で実験ノートを取る用 (私は電子実験ノートに移行しています) など、様々な使い方で活用して…
初めに 僕は普段RNA-seqとChIP-seqの解析を主に行っています*1。 これらの解析に用いるツールをインストールしたので、どのように管理しているかも含めて公開しようかと思います。 bioconda vs homebrew パッケージ管理ツールとしてよくbiocondaとhomebrew(l…
初めに 私が書いたマウス管理システムの開発過程に関する記事をまとめたものです。 サイト一覧 実験マウスを管理するための専用フォームを開発する(1) wet-to-dry.hatenablog.com 実験マウスを管理するための専用フォームを開発する２ wet-to-dry.hatenablog…
概要 半年前にマウス管理システムを作りました。 wet-to-dry.hatenablog.com 運用していて、少し不便だと思ったところをいじったので、備忘録として残しておきます。 変更点 交配をかける際にオス一匹に対してメスを複数選べるようにした。(前までは交配用の…
初めに NGS解析は、この本を主に参考にしてやろうと思っています。 gakken-mesh.jp 以前この本の第一版をボスに買ってもらって練習してたんですが、 Mac持ってないのでMacのコマンド打てない 第一版出たのが昔すぎて最新ソフトウェアのコードに対応していな…
初めに WSLでNGS解析をするための準備をいくつか記事にしています。 wet-to-dry.hatenablog.com wet-to-dry.hatenablog.com WSLを使うときはWSLアプリ(=コマンドプロンプト?)でいじる必要があったのですが、以下のサイトにVSCodeで操作できるようになったと…
初めに 私が書いたWSL(Windows Subsystem for Linux)を使ってNGS(次世代シーケンサー)解析を行うため前準備の記事をまとめたものです WindowsのWSLでNGS解析するための準備 WSL(Windows Subsystem for Linux)のセットアップ＆ホームディレクトリの変更 wet-t…
初めに 以前にpythonでファイル名を自動で書き直してくれるコードを書きました。 wet-to-dry.hatenablog.com これを改変して、あるフォルダにあるファイルの名前をリスト化して、他のフォルダにあるファイル名をリスト通りに変更するコードを作りました。 こ…
Onenoteって便利なの？ 現在、バイオ系の研究室で博士後期課程の学生をしております。 よく写真を撮って実験ノートに貼っていたのですが、せっかく電子データで写真を取得するのになぜ印刷して貼らねばならないのかといつも思っていました。 電子実験ノート…
SSDっていいんですかね SSD換装したのを記事にしようと思ってたのに後に後に伸ばしていたら、早半年、、、 せっかく写真とか取ったので、一応書きます。 PC初心者だったのですが、持ってたノートPCのハードディスクが壊れたのを機にSDD換装を行いました。 と…
Anydeskってなんじゃらほい 以前、研究室のPCにTeamViewerで接続する方法について記事を書きました。 wet-to-dry.hatenablog.com そのあと、twitterで知人から「うちはAnydesk使ってるで」と教えてもらい、ぼんやりと画面共有ソフトっていっぱいあるんやな～…
概要 以前から「マウス管理システム」なるものをちょくちょく作っています。 第一回 wet-to-dry.hatenablog.com 第二回 wet-to-dry.hatenablog.com 第三回 wet-to-dry.hatenablog.com 第四回 wet-to-dry.hatenablog.com これを、さらに変更しました。 変更点…
目次 目次 概要 やったこと 0. P2P (pear to pear)通信について 1. TeamViewerの使い方 2. ultraVNCの使い方 あとがき 続編 (2020/07/16追記) 概要 以前の話 wet-to-dry.hatenablog.com wet-to-dry.hatenablog.com 以前は京都大学へVPN接続するまでをやりま…
目次 目次 概要 やったこと 0. Windows PowerShell の文字化けについて 1. ネットワーク管理者にVPN接続申請をしてもらう 2. VPN接続設定 あとがき 追記(2020/10/09) 鍵認証 追記(2020/10/12) sshのconfig 概要 以前の話 wet-to-dry.hatenablog.com 前回はサ…
概要 以前から「マウス管理システム」なるものをちょくちょく作っています。 wet-to-dry.hatenablog.com wet-to-dry.hatenablog.com wet-to-dry.hatenablog.com これを、さらに変更しました。 変更点としては、 Googleスプレッドシートの内容を読み込んで、…
目次 目次 概要 やったこと 1. 前準備 2. ホームディレクトリの設定 あとがき WSLでNGS解析の記事リスト(2020/10/07追記) 概要 今回のテーマは、 WSL上でホームディレクトリをOnedriveの共有ディレクトリに変更する です。 以前、Windows10にWSL(Windows Sub…
概要 以前から「マウス管理システム」なるものをちょくちょく作っています。 wet-to-dry.hatenablog.com wet-to-dry.hatenablog.com これに、いくつかの機能を追加しました。 変更点としては、 css、javascriptのファイルを別ファイルで作成し、読み込ませた…
概要 研究室の自分のPCに出先(自宅など)からアクセスできれば、ラボにデータサーバーを作れてとても便利なのにな～と思っていたので、トライしてみます。 環境は ラボPC (ノート型、Windows10、サーバー用) ※これはそのうち専用のサーバーPCを作る予定 自宅…
概要 以前、マウス管理システムなるものを作成した。 wet-to-dry.hatenablog.com これにちょっとだけ変更を加えたので、ご報告。 変更点としては、 result.htmlからindex.htmlへの遷移がうまくできていなかったので修正 gsファイル内でグローバル変数を設定…
概要 以前、記事をツイートしたら、画像に名前を埋め込めば直接パワポに張り付けられて便利だというアドバイスをもらったので、実装してみました。 私も作りました。同じフォルダーに入っているTiffをまとめてjpgに変換して、同時にファイル名を写真に埋め込…
概要 以前書いた記事↓でいくつか処理をしてみたのですが、うまく機能しなかったこともあった。 wet-to-dry.hatenablog.com 原因を探ったところ、Olympusのカメラ側にあったことが判明した。 うちのカメラは、12-bitのモノクロカメラだが、ImageJ(FIJI)のデフ…
概要 昨日作成したImageJのJpeg保存コードですが、olympusで写真を撮った後にすぐ回すと、ファイル名が「画像_NNNN.tif.jpg」「画像_NNNN.tifMerge.jpg」とかになってややこしいので、元ファイルを再帰的にリネームすることにしました。 昨日のブログ↓ wet-t…
概要 うちの研究室では、蛍光顕微鏡は主にOlympusを使っているが、 元画像をTiffで保存したい という欲求と Tiffではうまく写真を見れないので、Jpegで保存したい という欲求が拮抗しており、未だにどちらにするか決めかねている。 そこで、 保存はTiffで行…
概要 実験マウスは世代周期が早い哺乳類ということでモデル動物となってから久しく、あらゆる研究室で飼われていると思われる。 しかし、おそらく多くの研究室では筆記もしくはExcelなどの表計算ソフトでの管理がされており、マウスの種類、数、週齢の管理が…
生物系の大学院生です。 最近は次世代シーケンサーのデータを使えるのと使えないのとでは研究力に大きく差が出ちゃいますよね。。。 NGS解析をするにはLinux OSやMac OSがほぼ必須といって過言ではないと思います。 (ちなみにラボメンバー15人中、Windows14…
