wet-to-dry’s blog

京大大学院生の備忘録ブログ

ubuntu

NGS解析ツールのインストールと管理

初めに 僕は普段RNA-seqとChIP-seqの解析を主に行っています*1。 これらの解析に用いるツールをインストールしたので、どのように管理しているかも含めて公開しようかと思います。 bioconda vs homebrew パッケージ管理ツールとしてよくbiocondaとhomebrew(l…

京大内から学外へftp接続する際のproxy設定(Ubuntu)

初めに NGS解析をする際に、学外へとftp接続を行わなければならない事態は少なからず発生します。 京大に限らず、通常の大学では学内から学外への接続はセキュアでない(と大学が考えている)ものをproxyサーバーというものを経由させることによって管理するよ…

WSLおよびUbuntuPCにlinuxbrewをインストール

初めに NGS解析は、この本を主に参考にしてやろうと思っています。 gakken-mesh.jp 以前この本の第一版をボスに買ってもらって練習してたんですが、 Mac持ってないのでMacのコマンド打てない 第一版出たのが昔すぎて最新ソフトウェアのコードに対応していな…

WindowsのWSLでNGS解析するための準備3 ~VSCodeでWSLを使う~

初めに WSLでNGS解析をするための準備をいくつか記事にしています。 wet-to-dry.hatenablog.com wet-to-dry.hatenablog.com WSLを使うときはWSLアプリ(=コマンドプロンプト?)でいじる必要があったのですが、以下のサイトにVSCodeで操作できるようになったと…

WindowsのWSLでNGS解析するための準備(ブログのまとめ)

初めに 私が書いたWSL(Windows Subsystem for Linux)を使ってNGS(次世代シーケンサー)解析を行うため前準備の記事をまとめたものです WindowsのWSLでNGS解析するための準備 WSL(Windows Subsystem for Linux)のセットアップ&ホームディレクトリの変更 wet-t…

linuxで作業ログを取る

初めに 解析用のPCはlinux(ubuntu)なのですが、以前OSをアップデートする際に誤ってクリーンインストールしてしまったので、頑張って作った設定がすべて消えてしまいました。。。 再設定をしていく過程で、記事になりそうなことがあれば、このブログに追記し…