wet-to-dry’s blog

京大大学院生の備忘録ブログ

京大内から学外へftp接続する際のproxy設定(Ubuntu)

初めに

NGS解析をする際に、学外へとftp接続を行わなければならない事態は少なからず発生します。

京大に限らず、通常の大学では学内から学外への接続はセキュアでない(と大学が考えている)ものをproxyサーバーというものを経由させることによって管理するようにしています(参考)。

京大の場合はftp接続のみ、特別な設定をしなければならないのですが、それで少し詰まったので備忘録として。

起きた問題と環境

  • OS:Ubuntu18.04LTSの解析用PC

  • Ubuntu18.04のWSL

の両方で京都大学KUINS-IIIの研究室LAN内から接続を試した(KUINS-IIIとは)。

gencodeから遺伝子アノテーションデータを取ってくる際に、普通にftpを使うと

$ wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M25/gencode.vM25.annotation.gtf.gz #ftp経由でアノテーションデータを取ってくる
#セキュリティの観点から伏字(20/11/30)

ここで止まって、ダウンロードできません。

やったこと

京大がproxy設定をしろと言っているので、この記事を参考にして、

これで解決しました。

$ export ftp_proxy="proxy.kuins.kyoto-u.ac.jp:8080/"
$ wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M25/gencode.vM25.annotation.gtf.gz
#セキュリティの観点から伏字(20/11/30)

Length: 28542432 (27M) [text/plain]
Saving to: ‘gencode.vM25.annotation.gtf.gz’

gencode.vM25.annotation.gtf.gz    100%[==========================================================>]  27.22M  9.98MB/s    in 2.7s    

2020-10-15 15:01:25 (9.98 MB/s) - ‘gencode.vM25.annotation.gtf.gz’ saved [28542432/28542432]

これでは毎回ターミナルに打ち込まなければならないので、~/.bashrcの最終行に

# ftp proxy for kyoto-u
export ftp_proxy="proxy.kuins.kyoto-u.ac.jp:8080/"

を書き込んで

source ~/.bashrc

これでいつでもftpできる!

20/11/30追記

京大のセキュリティについて書くのはよくないと思いましたので、Error部分の詳細については伏字とさせていただきます。

参考文献

www.iimc.kyoto-u.ac.jp

www.iimc.kyoto-u.ac.jp

qiita.com