初めに
NGS解析をする際に、学外へとftp接続を行わなければならない事態は少なからず発生します。
京大に限らず、通常の大学では学内から学外への接続はセキュアでない(と大学が考えている)ものをproxyサーバーというものを経由させることによって管理するようにしています(参考)。
京大の場合はftp接続のみ、特別な設定をしなければならないのですが、それで少し詰まったので備忘録として。
起きた問題と環境
OS:Ubuntu18.04LTSの解析用PC
Ubuntu18.04のWSL
の両方で京都大学KUINS-IIIの研究室LAN内から接続を試した(KUINS-IIIとは)。
gencodeから遺伝子アノテーションデータを取ってくる際に、普通にftpを使うと
$ wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M25/gencode.vM25.annotation.gtf.gz #ftp経由でアノテーションデータを取ってくる #セキュリティの観点から伏字(20/11/30)
ここで止まって、ダウンロードできません。
やったこと
京大がproxy設定をしろと言っているので、この記事を参考にして、
これで解決しました。
$ export ftp_proxy="proxy.kuins.kyoto-u.ac.jp:8080/" $ wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M25/gencode.vM25.annotation.gtf.gz #セキュリティの観点から伏字(20/11/30) Length: 28542432 (27M) [text/plain] Saving to: ‘gencode.vM25.annotation.gtf.gz’ gencode.vM25.annotation.gtf.gz 100%[==========================================================>] 27.22M 9.98MB/s in 2.7s 2020-10-15 15:01:25 (9.98 MB/s) - ‘gencode.vM25.annotation.gtf.gz’ saved [28542432/28542432]
これでは毎回ターミナルに打ち込まなければならないので、~/.bashrcの最終行に
# ftp proxy for kyoto-u export ftp_proxy="proxy.kuins.kyoto-u.ac.jp:8080/"
を書き込んで
source ~/.bashrc
これでいつでもftpできる!
20/11/30追記
京大のセキュリティについて書くのはよくないと思いましたので、Error部分の詳細については伏字とさせていただきます。