Nanopore技術の今(191127) - wet-to-dry’s blog

ご無沙汰してます。

ONT(Oxford Nanopore Technology)の新しい論文がいくつか出ているので紹介させていただきます。

まずこれ

MinIONデバイスでタンパク質を読むことで、タンパク質の違いを検出することができたという論文です。

Nanopore社は前から言ってましたが、タンパク質のシーケンシングができるようになる日も近いですね。

次にこれ

マウスのトランスクリプトームをNanoporeとIlluminaで読んでみて、比べた論文です。

RNAをdirect seqcencingした場合は、Illuminaと互角の精度を出したらしいです。

ただ、cDNAをPCRによって増幅したものは、dT配列がRNAの内部のpoly dT部分に結合してしまい、mRNAの後半部分を多く検出してしまう傾向があったらしいです。

nanopore社も、RT-PCR過程を検討しなおす必要がありそうですね。

最後はこれ

RNAの修飾m6AをGridIONで検出できたという論文です。

m6A修飾酵素をノックアウトした酵母を用いて、m6Aを検出できたとしています。

アデニンのはずがエラーとして検出される、と言っているため、アルゴリズムを決めることができたわけではないですが、、、

ちなみに、この人たちが、METTL3ノックダウンのヒト細胞を使って、新しいアルゴリズムを決めてくれたらしいです。

他にも、DNAのCpGメチル化を見てる人や、マウスのbiopsy細胞をジェノタイプしている人など色々いて、とてもホットなんだなと思います。

以上、僕が気になったNanopore関連の論文でした。