NGS
概要 1年ちょっと前にデスクトップPC（仕事用）を自作したのでメモ。 用途は、NGSの解析と通常のデスクワーク。フォトショップやイラストレーターもたまに使う。予算は10-20万。 前準備 最低限必要なものはCPU、マザーボード、ストレージ、メモリー、電源、P…
初めに 僕は普段RNA-seqとChIP-seqの解析を主に行っています*1。 これらの解析に用いるツールをインストールしたので、どのように管理しているかも含めて公開しようかと思います。 bioconda vs homebrew パッケージ管理ツールとしてよくbiocondaとhomebrew(l…
初めに NGS解析をする際に、学外へとftp接続を行わなければならない事態は少なからず発生します。 京大に限らず、通常の大学では学内から学外への接続はセキュアでない(と大学が考えている)ものをproxyサーバーというものを経由させることによって管理するよ…
初めに WSLでNGS解析をするための準備をいくつか記事にしています。 wet-to-dry.hatenablog.com wet-to-dry.hatenablog.com WSLを使うときはWSLアプリ(=コマンドプロンプト?)でいじる必要があったのですが、以下のサイトにVSCodeで操作できるようになったと…
初めに 私が書いたWSL(Windows Subsystem for Linux)を使ってNGS(次世代シーケンサー)解析を行うため前準備の記事をまとめたものです WindowsのWSLでNGS解析するための準備 WSL(Windows Subsystem for Linux)のセットアップ＆ホームディレクトリの変更 wet-t…
目次 目次 概要 やったこと 1. 前準備 2. ホームディレクトリの設定 あとがき WSLでNGS解析の記事リスト(2020/10/07追記) 概要 今回のテーマは、 WSL上でホームディレクトリをOnedriveの共有ディレクトリに変更する です。 以前、Windows10にWSL(Windows Sub…
ご無沙汰してます。 ONT(Oxford Nanopore Technology)の新しい論文がいくつか出ているので紹介させていただきます。 まずこれ https://www.biorxiv.org/content/10.1101/837542v1 MinIONデバイスでタンパク質を読むことで、タンパク質の違いを検出することが…
生物系の大学院生です。 最近は次世代シーケンサーのデータを使えるのと使えないのとでは研究力に大きく差が出ちゃいますよね。。。 NGS解析をするにはLinux OSやMac OSがほぼ必須といって過言ではないと思います。 (ちなみにラボメンバー15人中、Windows14…
