次世代シーケンサー
初めに 僕は普段RNA-seqとChIP-seqの解析を主に行っています*1。 これらの解析に用いるツールをインストールしたので、どのように管理しているかも含めて公開しようかと思います。 bioconda vs homebrew パッケージ管理ツールとしてよくbiocondaとhomebrew(l…
初めに NGS解析をする際に、学外へとftp接続を行わなければならない事態は少なからず発生します。 京大に限らず、通常の大学では学内から学外への接続はセキュアでない(と大学が考えている)ものをproxyサーバーというものを経由させることによって管理するよ…
初めに WSLでNGS解析をするための準備をいくつか記事にしています。 wet-to-dry.hatenablog.com wet-to-dry.hatenablog.com WSLを使うときはWSLアプリ(=コマンドプロンプト?)でいじる必要があったのですが、以下のサイトにVSCodeで操作できるようになったと…
初めに 私が書いたWSL(Windows Subsystem for Linux)を使ってNGS(次世代シーケンサー)解析を行うため前準備の記事をまとめたものです WindowsのWSLでNGS解析するための準備 WSL(Windows Subsystem for Linux)のセットアップ＆ホームディレクトリの変更 wet-t…
今話題のポータブル次世代シーケンサー「MinION」。 そのMinIONを作っているoxford nanoporeの方が、大学に来て最新の情報を披露してくれました。 MinIONは2014年にベータ版がでて以来、その性能を飛躍的に向上しているシーケンサーで、その携帯性や読むこと…
