生物系の大学院生です。
最近は次世代シーケンサーのデータを使えるのと使えないのとでは研究力に大きく差が出ちゃいますよね。。。
NGS解析をするにはLinux OSやMac OSがほぼ必須といって過言ではないと思います。
(ちなみにラボメンバー15人中、Windows14人/Mac1人でNGS解析経験者無し！)
ボスが去年、ラボ用Ubuntuマシンを買ってくれたのですが、OSインストールからツール設定まで僕が一人でやったのに共有PCとなりました。。。
共有PCだと、変にsshで自前Windowsから繋げたりするのがやりづらいんですよね。
では自前の解析PC作ってしまえ！と思ったんですが
Windows環境では、Virtual BoxやデュアルブートでLinuxを入れなければいけないんですよね。
Virtual Boxは重いし、デュアルブートするにもNGS解析に耐えられるような容量のハードディスク高いなーと思ってた矢先、、、
Microsoft「WindowsでUbuntuが使えるようにしました」
！！！？？？
https://forest.watch.impress.co.jp/docs/news/1073264.html
(2017年の記事ですが)
ということで、新たなアプリを入れることなくwindows上でlinuxによるNGS解析ができるのではないかと考えました。
本日は、WSL(Windows Subsystem for Linux)のセットアップをしたいと思います。
1. セットアップ
https://qiita.com/Aruneko/items/c79810b0b015bebf30bb
この辺のqiita等の記事を読めば簡単ですね。
僕はubuntu16.04をインストールしてしまったので、
https://qiita.com/sik103/items/16203172d3535c0fc329
↑これで18.04LTSにアップデートしました。
2. homeの変更
使ってみて思ったのは、
IGVが見れない！！！怒怒怒
GUIが使えないので、コマンドラインでしか操作できないんですよ。
さすがに解析結果を可視化できないのはつらい、、、
ということで、IGVを使う時だけWindowsで操作することにしました。
しかし困ったことが
UbuntuからはWindowsのファイルが見れるけど、WindowsからUbuntuは見れない？？
本当は見れるらしいです。
https://demura.net/lecture/15122.html
でもPATHが
C:\Users\kosei\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu16.04onWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs
長いーーー
毎回これにアクセスするのはめんどくさいので、
ということをしました。
http://tadaoyamaoka.hatenablog.com/entry/2016/08/06/112047
こちらの記事を参考にして、
sudo vi /etc/passwd
からの
最終行
username:x:1000:1000:"",,,:/home/username:/bin/bash
を
に書き換えました。
※/mnt/c/ubuntuは自分の作業用ディレクトリ。Windowsでいう"C:Users/home"の意味。自由に書き換えてください。
また、
cp -p /home/username/.* /mnt/c/ubuntu
と打ち込んで、隠しファイルなどをすべて作業用ディレクトリにコピーしてください。
これでwindowsでもいじれるしubuntuでもいじれるぞ！！！
以上。続きます。（続くといいな）
続きの記事のリスト(2020/10/07追記)
2021/11/25追記
WSL2が2020年に正式リリースされていました。
「WSL 2」が正式リリース！ ～「WSL 1」とのメリットは？ 「Windows Terminal」にも注目 - 窓の杜 (impress.co.jp)
ので、こちらの記事とこちらの記事を参考に、WSL2にしてみました。
まず、Windowsの設定→Windows の機能の有効化または無効化
の「仮想マシン プラットフォーム」にチェックを入れる。
そして、PowerShellで以下のコマンドを打つ。
wsl --set-default-version 2
これだけでたぶんWSL2への移行は完了したはず。
（PCの環境にもよると思います。）
さらに追記（2022/12/29）
新しいPCにWSL2を入れようとしたときに、
WslRegisterDistribution failed with error: 0x80370102
というエラーが出て詰まりました。
こちらを参考に、「BIOSの仮想化支援技術を有効化」と「仮想マシンプラットフォームを有効化」を行ったらうまくいきました。
2022/01/17追記
Ubuntu20.04に更新しました。
windowsの設定アプリからUbuntu18.04をアンインストール
→20.04をインストール
その際に、エラーが出たので、このリンクからカーネル更新プログラムをダウンロードして実行したらうまく行きました。
以前のバージョンの WSL の手動インストール手順 | Microsoft Docs
参考
