初めに

NGS解析は、この本を主に参考にしてやろうと思っています。

gakken-mesh.jp

以前この本の第一版をボスに買ってもらって練習してたんですが、

Mac持ってないのでMacのコマンド打てない
第一版出たのが昔すぎて最新ソフトウェアのコードに対応していない

と挫折して、結局ネットの知識でUbuntuPCを使ってやりはじめて、ほとんど読みませんでした。

この間調べたら2019年12月に第二版が出たらしかったので、さっそく書店で購入して今手元にあります。

これの最初にはHomebrewを入れろと書いてあります。

Homebrewはmac用のソフトウェアで、Homeディレクトリにroot権限無しでソフトウェアをインストールできるパッケージマネージャーです。

HomebrewがLinuxやWSLに対応したいわゆる「Linuxbrew」がありますので、こちらをインストールします。

docs.brew.sh

インストールする先は、解析用に組んであるUbuntuPCと、自前のWindowsPC内のWSLです。

やったこと

参考にしたのはこちらの記事です。

以下のコマンドで入りました。

# 事前準備
$ sudo apt-get install build-essential curl file git
# インストール
$ sh -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Linuxbrew/install/master/install.sh)"
# linuxbrewにPATHを通す
$ test -d ~/.linuxbrew && eval $(~/.linuxbrew/bin/brew shellenv)
$ test -d /home/linuxbrew/.linuxbrew && eval $(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)
# .profileに先ほどのPATH追加コードを書き込んで自動化しておく
$ echo "eval $($(brew --prefix)/bin/brew shellenv)" >>~/.profile