概要 以前書いた記事↓でいくつか処理をしてみたのですが、うまく機能しなかったこともあった。 wet-to-dry.hatenablog.com 原因を探ったところ、Olympusのカメラ側にあったことが判明した。 うちのカメラは、12-bitのモノクロカメラだが、ImageJ(FIJI)のデフ…
概要 昨日作成したImageJのJpeg保存コードですが、olympusで写真を撮った後にすぐ回すと、ファイル名が「画像_NNNN.tif.jpg」「画像_NNNN.tifMerge.jpg」とかになってややこしいので、元ファイルを再帰的にリネームすることにしました。 昨日のブログ↓ wet-t…
概要 うちの研究室では、蛍光顕微鏡は主にOlympusを使っているが、 元画像をTiffで保存したい という欲求と Tiffではうまく写真を見れないので、Jpegで保存したい という欲求が拮抗しており、未だにどちらにするか決めかねている。 そこで、 保存はTiffで行…
概要 実験マウスは世代周期が早い哺乳類ということでモデル動物となってから久しく、あらゆる研究室で飼われていると思われる。 しかし、おそらく多くの研究室では筆記もしくはExcelなどの表計算ソフトでの管理がされており、マウスの種類、数、週齢の管理が…
html-cssを書くのに、VScodeがいいと聞いたので、VScodeを入れてみる 入れ方や、操作の仕方など↓ https://homepagenopro.com/free/vsc.htmlhomepagenopro.com 入れたextensions html用 HTML Snippets HTMLHint Auto Rename Tag HTML Preview css用 IntelliSe…
私には夢があります。 そう、自前のサーバーPCを作り、 ・データの保存や ・ブログの設営 ・さらには解析用のウェブアプリを開発 し、機械に仕事を投げて楽をするバイオインフォマティシャンとしてのし上がるのです！ そのために必要なことを生物物理系の友…
ご無沙汰してます。 ONT(Oxford Nanopore Technology)の新しい論文がいくつか出ているので紹介させていただきます。 まずこれ https://www.biorxiv.org/content/10.1101/837542v1 MinIONデバイスでタンパク質を読むことで、タンパク質の違いを検出することが…
生物系の大学院生です。 最近は次世代シーケンサーのデータを使えるのと使えないのとでは研究力に大きく差が出ちゃいますよね。。。 NGS解析をするにはLinux OSやMac OSがほぼ必須といって過言ではないと思います。 (ちなみにラボメンバー15人中、Windows14…
今話題のポータブル次世代シーケンサー「MinION」。 そのMinIONを作っているoxford nanoporeの方が、大学に来て最新の情報を披露してくれました。 MinIONは2014年にベータ版がでて以来、その性能を飛躍的に向上しているシーケンサーで、その携帯性や読むこと…
